Как перенести выбранные файлы из одной директории в другую на сервере приложений?

Возможен такой путь: создать системные команды в SM69, потом их запускать модулем SXPG_COMMAND_EXECUTE из программы, либо в SM49 ручками.

А не используя SM69 как-то можно?

Можно читать в табличку READ DATASET, потом писать в новое место через TRANSFER, потом удалять старый через DELETE DATASET. и делать это надо в BINARY MODE.