TYPES: BEGIN OF ty_data,
         value TYPE matnr_d,
         index TYPE i,
       END   OF ty_data.

DATA: it1 TYPE TABLE OF ty_data WITH NON-UNIQUE KEY value,
      it2 TYPE TABLE OF ty_data WITH NON-UNIQUE KEY value,
      it3 TYPE TABLE OF ty_data WITH NON-UNIQUE KEY value.

DATA: BEGIN OF idel OCCURS 100,
        index TYPE i,
      END   OF idel.

FIELD-SYMBOLS: <wa> TYPE ty_data.

* заполнение первичными данными для теста
SELECT DISTINCT matnr INTO TABLE it1
                      FROM mard WHERE werks EQ '5101'.

SELECT DISTINCT matnr INTO TABLE it2
                      FROM mard WHERE werks EQ '4201'.

* итоговая таблица (здесь будет результат)
it3[] = it1[].

* проставляем индекс записи
LOOP AT it1 ASSIGNING <wa>.
  <wa>-index = sy-tabix.
ENDLOOP.

* слияние данных обеих таблиц
APPEND LINES OF it2 TO it1.

* сортировка и удаление идентичных
SORT it1 BY value.
DELETE ADJACENT DUPLICATES FROM it1 COMPARING value.

* индекс записи, которая только в одной таблице
LOOP AT it1 ASSIGNING <wa> WHERE index GT 0.
  idel-index = <wa>-index.
  APPEND idel.
ENDLOOP.

* таблица IT3 содержит записи IT1, которые есть в IT2 (одинаковые)
SYSTEM-CALL ITAB_DELETE_LIST TABLE it3 INDEX-LIST idel.