swd, не совсем понятно, как вы строите аналитику "вид изменения (запись добавлена, удалена, изменена)", если данные "из одной таблицы". Ну да ладно.

1. Если позволяет версия, я бы использовал RTTI (cl_abap_tabledescr вместо l_alv_table_create=>create_dynamic_table) с указанием ключа.
2. Пока оставил бы ваш метод с READ TABLE lt2 FROM <fs_t1> ASSIGNING <fs_t2>. (он уже сработает правильно, т.к. вы объявили ключ в шаге 1).

Насчет того, как улучшить шаг 2 - надо подумать.

Для сравнения таблиц в системе наверное уже что-то придумано, поглядите например CL_HRPADUN_YEARLY_INTERFACE=>COMPARE_TABLES (при наличии)

Это данные табличный частей разных документов.