Сделай формулу расчета стоимости для вида условия ндс в корр фактуре. Если сумма корректировки рассчитывется внесистемно, то перед вызовом бапи по созданию фактуры, например, закидываешь таблицу номер позиции/сумма ндс в память( или атрибут z-класса), в написанной формуле забираешь данные и подставляешь нужное значение в стоимость условия по позиции( вроде исходя из полученной стоимости еще надо базис пересчитать, если нужно будет посмотрю подробнее). Я делал подобное - для корр. Фактур пересчитывал сумму без ндс и сумму ндс формулой.

Ну там наверное ещё вариант есть - проваливаться всегда в 1ую позицию, и кнопкой POS+ листать попозиционно на нужную, потом POS1 (опять на первую позицию) и опять поновой. Медленно и печально.