Добавлю свои 5 копеек..
1. Полностью согласен с Пономарев Артем: лучше безобразно, но единообразно.
2. Мне больше всего нравится мехнизм spro. Обычно делаю на проекте транзакцию zspro и все настройки/управляющие параметры выносятся туда. Плюсы:
- структурированность: создаются ветки по бизнес-процессам, как это делает SAP, осмысленные руские названия пунктов настройки.
- документированность - к каждому новому листику настроек консультант пишет документацию с объяснением зачем нужна настройка и какие правила заполнения настроечной таблицы
- легкий поиск исходного кода к настройке (так как под каждую настройку создаются отдельные ZT* таблицы, жмем кнопку "where used" и все дела).
Все это помогает в случае необходимости передавать работу с программными комплексами новым консультантам.

Минусы:
- зачастую разработчиков раздражает плодить ZT*, особенно если нужна всего одна запись. Лечится административными мерами, ну и часто сам делаю такую табличку, выношу ее в zspro и ссылаюсь на нее в техническом задании на разработку.
- бывают большие настроечные таблицы (от нескольких сотен записей), которые заполняются не один раз, а ведутся пользователями на регулярной основе и тут стандартный ракурс ведения уже неудобен, надо делать загрузку из Excel.