Для создания доп.структуры (табл.VBAP) ключа доступа к объекту система не требует. А вот как удалтьб не пойму. Могу провалиться в эту структуру, удалить там поля, а как саму структуру удалить ??? Я так понимаю, что только через редактирование таблички VBAP ?

SE11 ->Имя append-структуры ->Удалить

Еще потом придется в se14 заходить адаптировать и активировать табличку.

Не всегда. В большинстве случаев активация проиходит автоматически
Хотя бывают и особо запущенные случаи, когда без ручной активации не обойтись...
Главное при ручной активации стандартных таблиц - проконтролировать наличие галочки "Сохранить данные"