приходится планировать фоновое задание - отчет RLLQ0200. в нем есть такая строка:

из-за нее планирование слетает. возпользоваться пакетным вводом не удается. можно ли сделать, чтобы планирование не прерывалось на этом сообщении?

Подломи его. Добавь в коде проверку sy-batch.

А разве по логике программы эта проверка не специально вставлена, чтобы репорт не запускался в background?

IF PA_DUNKL EQ CON_DUNKEL.
MESSAGE W603.
ENDIF.