Сценарий: пользователю отправлется почтой форма pdf.
Он её заполняет, а по кнопке submit - форма вызывает внешнюю программу шифрования (на стороне пользователя), шифрует себя и отправляет в шифрованном виде.

Наверное, если и возможно, то только с помощью javascript ?

Не проще обеспечить заполнение веб-формы через защищенное соединение? PDF тут как-то ну совсем лишним смотрится.

Соединение установить не получиться. Пользователь может заполнять форму в офлайн в прямом смысле слова.

Где-то я читал, что это возможно, правда, для разработки формы потребуется автономный Adobe Livecycle Designer, так как в SAPовском эта возможность обрезана. Еще нагуглил ссылочку: http://www.scribd.com/doc/3464655/Offli ... g-Download. Там используется Webdypro for Java

Для простого "шифрования" достаточно загнать в base64, ИМХО. Надежнее, чем полагаться на внешние компоненты.

В принципе мне кажется, что самым простым решением в вашем случае будет embedded интерактивная форма в html страничке, составляющей тело письма.
Логику сабмита и отправки реализовать на JS, кодирование в base64 и обратно - там же.

Неплохой пример реализации в виде игры марио

Случайно наткнулась на eLearning на SDN - SAP Interactive Forms by Adobe for Processing with Email. Там, правда, без шифрования, но может пригодится.