Добрый день.

Мне необходимо запускать из транзакции программу на компьютере пользователя (через cl_gui_frontend_services=>execute), и отслеживать результаты её работы. Подскажите, как можно наладить такое взаимодействие? Пока придумал делать это через чтение/запись файлов, но может в системе есть стандартные методы?

Зависит от программы, что она умеет и что Вы с ней можете вытворять.
Наиболее очевидный способ - запуск как ole-объект, так вы сможете полностью ее контролировать .

Вариант c ole я рассматривал, но он мне не очень нравится.
Программа в исходниках, вытворять с ней можно что угодно. Может есть какой-то аналог RFC взаимодействия с сессией запустившей программу (т.е. не создавать RFC соединение с сервером, а отправлять события из внешней программы окну транзакции её запустившую)?

Тык OLE и использует RFC соединение. Создаете ActiveX объект - оболочку для вашей программы, как sy-uname посоветовал.