Неверно занесены кредиторы по балансовой единице (таблицы LFA1 . LFB1) - неверно была задана Закупочная организация .
Проводок по кредиторах еще нет .
Можно ли сейчас программно удалить всех кретиторов по балансовой единице только с таблицы LFB1 ?
Не возникнет ли конфликт в дальнейшем ?
select * from lfb1 where bukrs = '999L'
and LIFNR >= '9000000000' and lifnr <= '9000099999'.
delete lfb1.
endif.
endselect.

Так может не удалять, а проапдейтить поле с Закупочной организацией ?
....

P.S>
Если решитесь удалять - на всякий случай сделайте текущий бэкап таблиц и отложите в сторону. Мало ли, где и что у вас потом стрельнёт после удаления...

А зачем удалять запросом к БД, если можно удалить законным способом?
Там попутно SAP все необходимые проверки выставит. Если что-то будет не так, то Вы узнаете об этом первыми.

Можно провести архивацию в транзакции SARA после того, как поставите метку удаления на закупочную организацию в XK06.