какую-то ерунду, а не лог вы тут постите...
если всё-таки попытаться разобраться в этом "логе", то видно, что это скрипт, который как раз и готовит нормальное сообщение об ошибке, например:

соответственно попытайтесь найти как раз то, что выдала эта команда...

плюс название шага, на котором спотыкается инсталлятор...

В связи с тем, что система работает, хотя установилась не полностью, вошел в систему и посмотрел системный журнал.

Видимо главная ошибка из-за которой инсталяция останавливается это:

The error probably occurred when installing the
R/3 system.
There is a significant time difference between the local time of the
application server and the database time.
The SAP system cannot function correctly under these circumstances.

Time difference between database and application server..."See former similar
dump: 39600" s
Local time zone..........................................."See former similar
dump: UTC+28800 sec (TZ not set) _tzname: | Pacific Standard Time | Pacific
Daylight Time | "
Local time................................................"See former similar
dump: 2009/09/02 06:25:14 Pacific Daylight Time"
UTC time.................................................."See former similar
dump: 2009/09/02 13:25:14"
Local time in internal format.............................1251899007
Database time............................................."See former similar
dump: 20090902172514"
get the error corrected immediately.

непонятно как так могло получиться

Может таймзону выставить в операционке?

Вроде выставлена, тем более что и БД и Приложение на одном хосте.