Думал, что достаточно знаю о блокировках, однако же выяснилось что это не так.
В системе имеется некоторое количество "залипших" блокировок.
В sm12 удалить их не удается.
Согласно ноте 43614 смотрим обновления в sm13 (у всех блокировок стоит флаг "Backup"). Но в sm13 пусто.
Полный рестарт системы не удаляет эти блокировки ! (вот этого я не ожидал).

Как их убить, может кто-нибудь подсказать ?

Есть очень простой вариант - реально блокировки это записи в соответствующей таблицы сап или блокировки в самой БД.
Первое идем в эту таблицу и убиваем та записи - любой нормальный абапер скажет как это сделать в обход закрытого ведения таблицы.
Можно посмотреть ФМ ENQUE_DELETE , самому лень копаться и вспоминать имя таблицы.
Если это не поможет, то остается вариант, что повисла блокировка на самой БД, тогда нужно перегрузить сервер базы данных.