Я не глубоко знаком со структурой SAP,поэтому обрашаюсь к сообшеству.
Есть веб-сайт.
В него подраделения вводят инфо о затратах-персонал,оборудование,материалы...по проектам компании. Все удалённые пользователи.
Главный офис проверяет данные,генерит отчёты и прочее,но уже не с интернета, а с внутренней сети.
Задача стоит интегрировать с SAP. Базы данных SQL.
Возник вопрос:
Что будет легче, интегрировать существующий сайт или используя SAP портал EP создать что-то новое.
Данные(итоги) по проектам должны сливаться в контроллинг CO(затраты) и AP для оплаты.

в каком плане "легче"?
деньги/трудозатраты? на этапе внедрения/поддержки?

и технически тоже (в основном)-вопрос интеграции

Мне кажется, что проше будет воспользоваться SAP порталом.
Какой бы у вас не был хороший веб сайт, но его структура не как не собподает с SAP, более того не существует даже преднаписанных адаптеров, поэтому вам предстоит проект по интеграции, сколько это будет стоит заранее сказать сложно, но думаю не дешево. Скорее всего вам придется воспользоваться XI. Но хочу предупредить, что всегда существует риск связанный с обновлениями вашего веб сайта и R\3.
Скорее всего в один прекрасный момент ваш веб дизайнер получит такое задание для выполнения которого необходимо поменять структуру данных. Он внесет такое изменение в бд на MS SQL, а про интеграцию забудет и начнутся косяки в данных.
Но даже если эта беда вас минует, всегда существует вероятность прихода новой версии, а что будет с передачей данных из вебсайта в R\3 после этого никому не известно.
Поэтому лучше использовать стандартные средства.
А какой бы нибыл у вас красивый сайт всегда можно сделать нечто подобное но уже на саповской платформе.
Желаю удачи