Возможно возникновение ситуации, когда один и тот же клиент в системе ведется под двумя разными основными записями.
Как можно объединить их в одну сохранением всех связей с документами и т.д.?

Объединить в одну с какой целью? Или вы имеете в виду возможность отслеживать их причастность к одной группе клиентов? И где должна отображаться эта связь (в отчетах, внутри создаваемых документов и т.д.)?