Добрый день, при создании исправительного счета-фактуры системой создается документ, но он никак не связан с корректируемым документом. То есть новый номер прописывается в "Номер исходного счета-фактуры" (BELNR_ORIG), "Номер исправления" (REVNO) и "Номер исправления счета НДС" (BELNR_REV) пустые, соответственно при просмотре сгенерированного XML в журнале ЭДО этот документ отображается не как исправительный, а как обычный СЧФ.
Что необходимо проверить в настройках, чтобы при создании номер корректно заполнялся?

Добрый день.
Самый простой способ: смотреть в отладке на реальных примерах. Вряд ли кто-то угадает почему у Вас в системе документы никак не связаны.

Просто на секундочку напоминаю, что по крайней мере в SAP ERP производитель оставил полностью за бортом сохранение исправительных СФ в журнале в парадигме использования событий 1025, 1030 и 1050 в open fi. Там тупо стоит примечание: исправление? выходим отсюда, только вручную.
Соответственно эта часть не подлежит никакой и настройке, поэтому в настройках можете не копать.
Как делал я: подключал в OPEN FI свои модульки, где прописывал свой код, за основу брал из стандартного J модуля, но чуточку его приучил к прекрасному, а именно к определению последующего revno, заполнению нужных полей журнала и т.д.
Все летало. В вашем случае следует поступить таким же образом или просто дать приказ исправления вносить вручную в журнал, для этого есть вполне себе красивое окошко. И когда объем невелик, то и изобретать ничего не надо.

Теперь пара слов не про журнал, а про связку. Опять же говорю про ERP, но полагаю, что концепция не поменялась.
Что в исправлениях, что в корректировках, что в пересмотрах новый документ должен быть связан с оригиналом связкой по типу NNNNNNNNNNGGGG, где N и G - понятно что.
При этом я видел замечательные примеры, когда последующий документ не был представлен в журнале, но автоматически налоговым движком интерпретировался как корректировка/исправление, но я не помню точно уже, прошло очень много лет. Соответственно на вашем месте я бы соблюл (????) все условия, которые сап на заре времен озвучивал:
- полное соответствие документа описалову (исправление? значит, оригинал сторнирован; корректировка - не сторнирован + соответствует настройкам корринва)
- наличие документа в журнале, причем в вашем случае, видимо, не в простом журнале, а в журнале ЭДО, ибо они вроде как разные

Вот при таких вот вводных что эдо, что книга 100% с исправлением будут работать корректно.