Делаем цепочку. Заказ -Поставка-Отпуск-Счёт-проформа- Счёт-фактура(реальная). Счёт-проформа формируется с поставки. Счёт-фактура с проформы не меняет статусы поставки (статус фактурирования). Как настроить ? Где искать ?

Счёт-фактура с поставки всё ок. статусы меняются.

А чем вызвана необходимость делать счет-фактуру со счета-проформы?

После отпуска со склада необходимо оформить таможенный инвойс
это Счёт-проформа После декларирования выставляется инвойс клиенту - счёт-фактура.
Требование таможни один документ как таможне так и клиенту(оформленный по одним и тем же правилам). Поэтому проформа рождает инвойс. Дата инвойса клиента = дате отправления со станции. Дата счёт-проформы = дата подачи данных в таможню.
Таким образом необходимо регистрировать две даты - дата декларирования и дата фактического отправления(не путать с датой отпуска со склада). Моменты декларирования и отгрузки по времени происходят с разницей более 5 дней.
На данный момент у нас физически два документа - таможенный инвойс и инвойс клиенту. Выдают их два разных подразделения.
Таможня требует полного соответствия этих документов.
Удалось уговорить их что один документ получается из другого без возможности редактирования или применения других правил обьединения , вот.

Но зачем статус фактурирования, то менять? Тем более, что раз вы делаете проформу, то это все равно вряд ли получится. Если вам так важно воплотить на деле, то что вы на словах объяснили таможне, то сделайте это иначе - через условия и правила копирования в конечную счет-фактуру. Да и ссылку (оригинальный документ) можно сделать на проформу при создании СФ, если так хочется.