Господа и дамы, может кто нибудь знает как стандартно настроить систему, чтобы не представлялось возможным сторнировать фактуру деблокированную в бух учет и выровненную с платежём?

Смотрите в настройке вида фактуры предпосылки для сторнирования.
Там есть для этого какая-то стандартная предпосылка, вроде 29.