Товарищи, кто использует причины отклонения заказов и где их можно потом отследить?

Думаю, если не все, то очень многие
На причины отклонения в стандарте навешано очень много разных функций, например, принудительное исполнение позиции, запрет создания послед. документов, блокирование потребностей и прочее. А отслеживать - в отчетах, где же еще.

Спасибо за ответ, в том то и дело, что мы не знаем в каких отчетах?

Обычно - в "своих", самописных. Логично исключать из открытых договоров все исполненные И отклоненные, например. Ну и в стандартных можно фильтровать по этому полю - взять тот же VA05.