Подскажите кто имел с этим дело, с чего начать, можно ли обойтись каким-то стандартом или надо что-то дорабатывать.
Собственно говоря, схема такая:
Старт заказа инициализируется непосредственно с терминала.
Далее сканируется товар. После каждого отсканированного товара выскакивает окошко для внесения количества, количество подтверждается нажатием кнопки.

Это вам в ветку по ABAPу надо. Передача данных через RFC, OLE...
Под терминалом понимается какая-то промежуточная программа, например на C++?

Вообще, задача Вами поставлена крайне расплывчато. Здесь суть дела не в последовательности операций, а в модели взаимодействия с SAP.

1. Если сканер штрих-код подключен к терминалу (компу с SAPGUI, а-ля клавиатура), то можно использовать и стандартные транзакции. Ну или писать свой простенький интерфейс на ABAP.
2. Если сканер является частью мобильного устройства (терминал сбора данных) и есть он-лайн доступ к SAP (например через WiFi), то тут несколько вариантов доступа, в зависимости от платформы и софта терминала - RFC, SAPconsole, Websapconsole, WebDynPro или обычный SapGui.
3. Если мобильное устройство не имеет онлайн доступа - тут уже бизнес-логика на стороне терминала, задача SAP -выгрузка и загрузка данных в базу данных терминала.