Основная проблема - это неправильно организованное взаимодействие менеджеров проекта с заказчиком и спонсором. Отсюда вытекают все остальные проблемы (бюджет, сроки и т.п.).
Во-первых, заказчик (подразделение, например) должен быть и не абстрактный, а конкретный. Если заказчика нет, то проект начинать нельзя. А для заказчика самое главное, чтобы его ожидания от проекта оправдались. Поэтому основная задача - это сопоставить и утвердить ожидания заказчика, т.е. не должно быть разночтений ожиданий у команды внедрения и у заказчика. К сожалению, с учетом, что проект длительный и у заказчика ожидания будут меняться со временем. Соответственно, нужно по ходу дела корректировать работу по проекту, чтобы потом не возникло такой ситуации, что прототип или готовая система уже отстала от жизни, соответственно, корректировать и статьи бюджета по проекту - что-то вычеркнуть и часть средств перебросить на решение более насущных задач.
Но! При всем при этом решать главную задачу: методично и целенаправленно работать с заказчиком по содержательной части проекта с тем, чтобы в конечном итоге решить задачи, в которых заинтересован спонсор проекта.
Это скорее не проблемы, а риски, о которых нужно знать, и работать с заказчком в нужных направлениях. Проблема возникает, когда чего-то не учтешь. И большая проблема, если это обнаруживается в конце проекта.
Поэтому все фиксировать на бумаге и удостовериться, что заказчик понял, о чем идет речь, а не просто подмахнул требования к системе.
Понятно, кроме этих рисков, есть форс-мажор типа: у спонсора нет денег или иных ресурсов. Делать все этапами с решением конкретных задач по окончанию каждого этапа.
На объективность не претендую - все из моего опыта
.