доброго дня,

есть основное средство его хотят списать с баланса, через модуль основных средств
потом принять на локальный склад логистики для дальнейшей продажи

это правильный алгоритм? или можно по другому реализовать.

Ну в принципе так бывают делают...
Тогда списание должно идти через "ABAON - Выбытие через продажу без дебитора".
Потом делаете поступление со счета на склад и реализовываете через сбыт.
Но проще сразу реализовать через F-92 на дебитора, исключив в цепочке сбыт.