Проблема состоит в том, что есть одно составное средство, а проведено как целое. Сейчас необходимо ликвидировать одно из составных, но при ликвидации, так же, в процентном соотношеннии, списывается и сумма аммортизации, но износ у каждого ср-ва разный, следовательно процентное соотношение при ликвидации не подходит.

Занятно, конечно.
Можно сначала расформировать ОС, то есть на другую карточку (можно и на субномер) отделить нужную сумму, пускай с неправильной амортизацией. Потом сделать корректировку амортизации через внеплановую амортизацию на новой карточке и на старой с обратным знаком. Потом спишете субномер с нужными суммами.

Там должна быть закладка - частичное выбытие - в ней надо покопаться, но там должна быть возможность ввода суммы выбытия и амортизации.