По некоторым классам разнятся сальда контрольных счетов и показания запасов ОС.

Такие отклонения по целой БЕ и имеют системный характер.

В чем может быть причина?

1. Некорректная загрузка начальных остатков
2. Неправильная корректировка начальных остатков, когда в ОС попраивли, а на счетах нет.