Коллеги!
Подскажите пожалуйста возможное решение нашей проблемы:
на момент расчёта на СПП на одном виде затрат была отриц. сумма -100р, а на другом - положит. 400р.
Оба вида затрат относятся к одной схеме происхождения и расчитывается на один НКС.
При расчёте СПП на НКС получаем бух. документ:
1 40 Вид затрат1 100р
2 50 Вид затрат2 -400р
3 70 НКС 300р,

а хотелось бы

1 40 Вид затрат1 100р
2 75 НКС -100р
3 50 Вид затрат2 -400р
4 70 НКС 400р

Могу ошибаться, но может попробовать поиграть с агрегацией для операции "AIBU"?
Или той, которая у вас определяется в заголовке бух. документа...

Речь скорее идет о периодическом расчете в СJ88 на НКС, вопрос, а зачем это нужно?

Да. Это периодический расчет на НКС. Нужно для корректной работы корреспонденции счетов.