Я настраивала такое и для внутренних заказов, и для WBS элементов.
По большому счету общая настройка ничем не отличается для авансов от обычной цепочки закупки (у Вас же потом помимо ававнса и обычная капитализация должна идти), кроме ограничений для видов движений.
Я в стандартной настройке для видов движений 180 и 181 просто ставила галочку, что активна только область МСФО (правда, она у меня всегда была 01). При этом все прекрасно рассчитывалось - суммы попадали только в 01 область, а в остальных областях (локальный бухгалтерский и налоговый учет) был просто ноль.
Если у Вас МСФО не ведущая область, то точно не подскажу.Можно попробовать поставить ограничения для областей для авансовых видов движений, может поможет (сама такое ни разу не делала).
если не поможет и в любом случае система захочет проводить по 01 области, тогда как вариант ручная корректировка через транзакцию ABZU - отбросить назад в 01 области сумму аванса. Или программку написать для массовой корректировки, если авансов много.
Ну и на всякий случай не забудьте про корректную настройку The following customizing is done for Down payments for Fixed assets (t-code OAYB) for AuC classes и The following customizing is done for OKEP t-code for down payments for Fixed assets
