Коллеги, подскажите, как считается амортизационная премия в январе по объектам, загруженным из внешней системы на 31 декабря через AS91/AS92?

Если не ошибаюсь, никак.
От проводки (или движения в случае загрузки) идет расчет, при условии, что вы говорите о стандартной реализации

Ручками.
Стандартная программа работает на основе ВД проведенных в системе( коих у Вас не будет) - вычисляет сумму в зависимости от ставки и запускает пакетник транзакции ABMA.

Т.е. Вам нужно в январе вычислить суммы премии и закинуть их на карточки вручную через ABMA используя, те же ВД, что и для BONUSа.