При комплектации есть кнопка "выбор запаса", которая может выбирать склад, с которого производитсья списание. А можно ли как-то сделать выбор запаса находясь в РР заказе?

Посмотрите в списке компонентов РР заказа столбец склад, не уверен, но по-моему это оно.