Внедрили ТАП, как документ, но обнаружили, что он обнуляет нам Заказ на поставку за счет суммы с "+" в БО. Нашли ноту 1126105, которая решила нашу проблему. Но теперь не понятно как обновить регистр наличия, чтобы ТАП не обновлял БО. Обычная реинициализация АКН не спасает.

Будут ли какие-нибудь предложения?!

Да, предложения нашлись сами собой на scn.
Запустил транзакцию FMN4N и всё вылечилось.