Полгода проработали и обнаружилось, что неправильно выстроено подчинение ФП в стандартной иерархии. Попытался изменить - не смог. Насколько я понял, система ругается, что тот узел который я хочу сделать корневым разрешен для проводки и в него нельзя вложить новые узлы. Попытался запретить ФП для проводки, но данные недоступны для изменения.
Можно ли вообще изменять стандартную иерархию ФП в середине года, и как поступить в моей ситуации?

Если на ФП уже проведены документы УБ, то удалить неправильное ФП нельзя.
Я на прошлом проекте в подобных ситуациях либо переконтировал документы FI, MM, SD на новую ФП, перегенерил документы УБ на новую ФП.
Либо если нужно было поменять параметры ФП, то удалял все документы УБ с контировкой по данной ФП, удалял ФП, создавал ФП с правильными параметрами и генерил на эту ФП документы УБ заново. Не забудьте что до удаления ФП нужно удалять также и записи на эту ФП в таблицах итоговых записей FMIT.
Запретить же ФП для проводки можно исключив его из структурного бюджета проводки.

Удалять документы нереально, их там тысячи.