Добрый день!

По входящему КСФ на увеличение принят НДС к вычету проводкой 68-19. Входящий КСФ на увеличение ложится в книгу покупок.
Возникла ситуация, что входящий КСФ на увеличение необходимо сторнировать. Сторно выполняется следующим образом: отдельно сторнируется КСФ. Вместо сторно документа переноса НДС 68-19 выполняется новый документ - перенос НДС к сформированному документу сторно КСФ. Таким образом формируется обратная проводка Дт 19 Кт 68. У нового документа сторно переноса НДС не заполнены значения: красное сторно, докумнт сторно, индикатор сторно. Сторно документа КСФ в части переноса НДС выполняется таким способом из-за применения раздельного учета НДС.

Таким образом, при формировании книги покупок по документу сторно КСФ, документ не попадает в книгу покупок, хотя документ должен быть отнесен в ту книгу, что и КСФ. А попадает в книгу продаж. Система не понимает, что сторно КСФ переноса НДС - это документ сторно к КСФ.

Кто-то сталкивался с такой ситуацией? Посоветуйте, пожалуйста, что можно предпринять?

По-хорошему сторнировать вычеты надо. Но если уж совсем не хотите сторнировать, то добавьте новый вид документа в систему.
Прогон 26 проги делайте с ограничением на конкретный первичный документ КСФ.
Вид документа есть в селекции. То есть все проходят TA образно, а этот TB.
В замещении 2 момента на документ TB сделайте красное сторно в обеих позициях (19 и 68). Это не изменит сальдо, но верно скорректирует обороты.
Дальше по настройкам basgruno и stegruno по исходному коду налога получите минус дебет 68 счета, что точно обеспечит его попадание в книгу покупок.
Относительно листа (основной или дополнительный) надо будет разве что проверить. Если что не так, всегда есть badi, где можно будет поиграться с belnr_add.

Спасибо!

Верно я понимаю, что признак "красное сторно" в позициях счетов 19* и 68* проводки "сторно переноса НДС КСФ" достаточно, чтобы система отнесла в ту же книгу, что и КСФ?

Признаки документ сторно, индикатор сторно являются обязательными в данном случае?

Что-то я Вас не очень понимаю. Красное сторно к сторно документа никакого отношения не имеет, только косвенное (и то не всегда).
Признак сторно документа - признак, безусловно, важный. Для многих компонентов от него вращается различная логика, книги - самый яркий тому пример.
Документ может быть сторнирован, но красного сторно не будет. В документе может быть красное сторно, но документ при этом не сторнирован.
На сторно в книгах свои ветки алгоритма. Сторно автоматом попадет в доп лист (в простом случае), если настройки кода налога в T007 этому не противоречат.
Красное сторно без сторно документа всегда попадет на основной лист. То, что книга у Вас будет верная, это факт. То, что лист будет верный, гарантировать нельзя.
Чтобы это был доп. лист, надо именно сторнировать по-нормальному (заполнены STBLG, STJAH, XREVERSAL, STGRD).
Если доп. лист Вам не нужен в этом случае, то ограничиться можно красным сторно.
Перечисленные Вами признаки Вы не проставите просто так, их на экране ввода документа нет. Заполнить их Вы можете только в том случае, если у вас самописная тулза, которая апдейтит поля заголовка, но это не путь джедая и ни к чему хорошему он не приведет. Так что либо полноценное сторно, либо красное сторно + бади.