При сторнировании логистического счета-фактуры (MR8M) создаются обратные проводки, но почему-то не по тому счету. На примере это так:
Счет-фактура:
Кт 60* - 118
Дт 35* - 100
Дт 19* - 18

Сторно счета-фактуры:
Дт 60* - 118
Кт 15* - 100
Кт 19* - 18

Откуда система при сторно подтягивает счет 15* ?

Это ситуация обычная для Вашей системы? Или все-таки исключительная. У нас была аналогичная проблема "незеркальности" фактуры и сторно и связана она была насколько помню с какими-то заморочками ММ...то ли запаса не было на момент сторно, то ли класс оценки не тот подцеплялся, то ли еще с чем-то.