Существуют ли для позиции документа какие-либо признаки того, что эта позиция сгенерирована при выполнении операции с выравниванием?

А если в транзакции SE11 указать таблицу BSEG, потом несколько документов (включая ваш) и посмотреть чем ваш отличается от остальных?

Требуется уточнение. Прежде всего, вы говорите о позициях контрагента (например позиции остатка), или об автоматических проводках типа курсовых разниц?

Если о позициях контрагента, то в них при выравнивании методом частичной оплаты или позиции остатка автоматически заполняются поля REBZ* (ссылка на частично выровненный документ).

Именно так, в BSEG это поле XAUTO. Это поле автоматически заполняется для позиций, сформированных по коду налога, платежных операций.