Ув.коллеги! Подскажите почему при выбытии ОС система пытается списать всю амортизацию за год, а не фактически проведенную до даты периода?

Это зависит от метода расчета амортизации по периодам, установленного в коде амортизации основного средства. В этом методе есть такой параметр "Управление периодами при выбытии", он и определяет, когда останавливать амортизацию при выбытии (и соответственно сколько ее списывать).