Почему-то поиск не помог... наверное, не научился толком пльзоваться

На 97 счете повесили 50 руб., которые нужно списать за 6 меясцев. 50\6 = 8,33333... т.е. делаем документ долгосрочной проводки на 8,33 руб., в итоге, можно ли заставить систему последним списанием снять и 2 копейки, что недоснялись из-за округления?

Не видел такого механизма в долгосрочных проводках. Можно отредактировать ссылочный документ на 2 коп перед последней проводкой.
Или проще вручную списать в FB01