доброго времени суток,
в конце 2012 года запускал транзакции F.07 и F.16
но не все сальдо перенеслись
У некоторых счетов остаток на конец 2012 не равен остатку на начало 2013

47999999 - сальдо на конец 2012г -775 384,09 и на начало 2013 г 2 433 256,23

Если это тоже итоговый счет, то для каких счетов. Могу предположить, что для всех 9147….., но сумма получается другая, кроме того у этого счета есть входящий остаток.

Есть входящие остатки на итоговых счетах на начало года 2012 и они не равны остаткам на конец 2011 года
90999999 -59 849 968,63
91999999 - 4 770 639,80
47999999 - 775 384,09

Перенос сальдо не зависит от вида счета. Причина разницы скорее всего - не был выполнен перенос в каком-то прошлом году. Выполните F.16 и F.07 за 2011, если не поможет - за 2010 и т.д.

Счета результатов вы можете узнать из настроек (T030, KTOSL = "BIL").

сделал переносы с самого начала от 1999 до 2013
все равно сальдо разнятся=( в чем еще может быть проблема?

Скорее всего, счет 47999999 у вас - счет результата, на начало 2013 года на него схлапывается сальдо счетов P&L.
При прогоне F.16 поставьте флаг "Balances at retained earnings account" и внимательно изучите выводимый отчет по кнопке Retained Earnings accounts.