Решили проблему следующим образом:

Связали МВЗ с МВП, в МВП- сегмент, по средствам наследования в проводках, использующие МВЗ из модуля ММ, наследуется тот сегмент, прописанный в МВП=МВЗ. При необходимости перекидки сумм между кредиторами\дебиторами- сторнируем СФ, если она неправильно была проведена и далее через стандартное выравнивание (взаимозачет), использующее уже наследованные позиции из СФ (в корреспонденции с затратными счетами) . Если проводим перекидку между сегментами, используем пере расчетный счет (основной счет), для которого поле "Сегмент"- активно и видимо на экране, соответственно второй позиции кредитора\дебитора наследуется нужный сегмент.