В документ оплаты (сформированный через F110), выравнивающий входящую счет фактуру проставился неправильный счет курсовой разницы. Каким образом сформировать правильный документ оплаты (не проводя уже оплату, т.к. она уже произведена), если отменить выравнивание и сделать сторно предыдущего документа оплаты и в настройке прописать правильный счет?

Все зависит от того, как у вас обрабатываются исходящие платежи, так как из написанного этого до сих пор не следует.
Например, у вас может F110 работать с проводкой сразу при прогоне программы (назовем это вариант 1) или проводка при разноске выписки делается.
Второе в свою очередь может быть
- с интерпретацией по алгоритму или просто с искусственной интерпретацией и выравниванием по номеру ПП (pyord), не суть важно как - в обоих случаях запись идет в FEBCL, назовем это вариант 2
- без выравнивания по номеру ПП, идет простая проводка в FB01, а потом выравнивание с СФ (назовем это вариант 3)

Далее решение в зависимости от номера варианта.
Вариант 1. Сторнировать документ оплаты, отменить выравнивание, перенастроить счет курсовых разниц, прогнать заново, новую платежку в банк не отправлять. Или еще проще: отменить выравнивание, новый прогон не делать. Перенастроить КР, провести платеж вручную с выравниванием исходного СФ. Ничего с самой платежкой делать не надо, поскольку получателя средств наши счета КР не волнуют.
Вариант 2. Поскольку платежка уже потрачена и ушла из PYORDH и PYORDP, то даже после сторно позиции выписки вы уже этот СФ использовать не сможете. Можете, конечно, восстановить позиции в этих таблицах, а потом заново применить старое правило проводки, но это геморрой. Куда проще: в фебане жамкнуть проводку по старому правилу, система остановится в FB05 из-за отсутствия данных для пакетного ввода. Там будет гореть батон платежки, перещелкните его на номер документа, введите номер СФ и далее завершите проводку в FB05 в ручном режиме. Системе все равно будет, проводилось ли это по платежке или нет, поскольку после выравнивания данные из PYORDH все равно сносятся. Разумеется, перед выполнением всего этого действия надо скорректировать настройки КР.
Вариант 3. Самый примитивный, вряд ли это ваш случай. Поскольку здесь просто нужно отменить выравнивание, а потом выполнить его заново. Сам СФ и платеж не содержат КР, реализованная КР есть результат фактического выравнивания. Его и надо сделать после изменения настроек КР.

Что мы имеем в системе:
Документ 1
1.1. Есть входящая фактура в Валюте документа, условно на сумму 600 по курсу 90
31 60* кредитор Код НДС 600- выравнивается Документом 2
86 15* приобретение материалов Код НДС 500
40 19* НДС Код НДС 100
1.2. Она же во Внутр.валюте:
31 60* кредитор Код НДС 54 000-
86 15* приобретение материалов Код НДС 45 000
40 19* НДС Код НДС 9 000
Документ 2
2.1. Есть ее полная оплата через F110 по курсу 95
При этом формируются следующий документ в Валюте документа:
25 60* кредитор 57 000 выравнивается Документом 2
50 51* технический счет платежей 57 000 -
003 40 91* Курсовая Разница (неправильный счет) 0
2.2.
Он же во Внутр.валюте:
25 60* кредитор 54 000
50 51* технический счет платежей 57 000 - выравнивается Документом 3
40 91* Курсовая Разница (неправильный счет) 3 000

Затем при загрузке выписки формируется Документ 3 (предположим через FF67)

3.
50 51* реальный банковский счет 57 000
40 51* технический счет платежей 57 000 - выравнивается Документом 3


Если сделать:
• отмену выравнивания Документа 3
• отмену выравнивания Документа 2 и сторно Документа 2,
то
• через какую транзакцию можно сделать документ (Документ 4) того же вида (той же нумерации), как Документ 2, чтобы по позиции 60* счета сформировался документ (предварительно прописав нужный счет по КР) в Вал. документа в сумме 57 000, а во Внутр. валюте 54 000 и он выравнил Документ 1 по кредитору?
• Через какую транзакцию выравнить вновь созданный Документ 4 Документом 3 по 51* техническому?

Ужас. Зачем так досканально)
Сказали бы просто, f110 с проводками, оплата в рублях по курсу, вторая область на выписке)
Отменяете док 3.
Отменяете док 2, сторнируете док 2.
Сф открылась.
Далее можно просто снова прогнать f110 с теми же параметрами, что и раньше. А можно просто запустить fb05, указать валюту выравнивания рубли, нужную дату пересчета. Далее обработка позиций, выбрать нужную, нажать кнопку "Списать разницу". Ввести кп 50, счет 51 технический, сумма 57000. Моделирование, проводка.
То же самое можно еще в куче транзакций сделать, но fb05 проще всех.
Выравнивайте тех 51 из дока 3 и дока 4.

Новый Документ 4 создался корректно (через FB05). Спасибо!!!
:
Документ 4 в Валюте документа:
4.1.
50 51* технический счет платежей 57 000 -
25 60* кредитор 57 000 Выравнился Документом 4
40 91* Курсовая Разница (Правильный счет) 0
4.2.
Он же во Внутр.валюте:
25 60* кредитор 54 000
50 51* технический счет платежей 57 000 - Не Выравнился!
40 91* Курсовая Разница (Правильный счет) 3 000
Через какую транзакцию выравнить вновь созданный Документ 4 с Документом 3 по 51* техническому?
Это будет какой-то еще выравнивающий документ? Или отсторнировать Документ 3 и создать каким-то образом новый (Документ 5) с выравниванием 51* технического в Документе 4 и Документе 5?

АУУУУУФФФФФФФФФФФ
Никогда не думал, что буду давать такие советы.
Запустите FB05, укажите данные заголовка, укажите номер технического счета, тип S, введите номера документов через батон "Номер документа", выделите все (они выходят в 0), моделирование, проводка.
Можно ровно то же самое через автоматическое выравнивание (по желанию, так как там может набраться не пара, а кучка, которая будет выходить в 0). Автоматическое менее предпочтительное, оно глупенькое.