Дебиторская задолженность с ненулевым НДС висела на дебиторе Д1. Затем было заключено соглашение (скорее всего при реструктуризации) о переуступке задолженности.

Т.е. теперь вместо Д1 нам должен Д2.

Как отразить в системе?

Если сделать перенос, то НДС останется на Д1 и будет начислен в текущем периоде, что не есть правильно.

Если сторнировать фактуру и провести новую, то не будет отражена данная операция (переуступка) в системе.

Кто-нибудь встречался с подобным?

Не знаю, как отражается эта операция в российской бухгалтерии, но вообще она доволно типичная. Преуступка прав требования.

Не надо трогать счет-фактуру.

Дебитор Д2 платит.
Далее делается выравнивание между двумя дебиторами на основании документа по переуступке.

И счет-фактура таким образом закрывается.
Впрочем это так у нас. А в России с НДС заморочки и может быть всё сложнее

Списываем ДЗ со счета старого дебитора на 91 счет расходов по уступке права требования. Потом на счет нового дебитора - с 91 счета доходов по уступке. Можно все по одному 91 вести, но не рекомендуется.