Вопрос общего характера: как лучше всего выстроить иерархию запросов настройки, дробить на мелки запросы, например:
1. Учет основных средств - Операции:Поступления
2. Учет основных средств - Операции:Выбытия
3. Учет основных средств - Операции:Перемещения
и т.д.

Или все настройки касающиеся операций с основными средствами объединить в один большой запрос, например:
Учет основных средств - Операции

или есть смысл объединять в запрос настройки находящиеся в разных ветках SPRO если они отвечают за настройку какой-то сложной операции: например в запрос - "Учет основных средств - Операции:Поступления" включить настройки счетов главной книги и прочих настроек для операции "Поступление основных средств"
Кто как делает? поделитесь опытом

С одним запросом проще работать, но нет подробного списка операций. ИМХО, лучше все-таки разбивать. Здесь это не так критично как в инструментальных средствах.