Подскажите, пожалуйста, если у одной БЕ два собственных банка, то при создании п/п как система должна понимать, через какой банк необходимо осуществить платеж? Собственные банки прописала, порядок выбора тоже, а он все время берет первый банк. Помогите!!!

Можно или в оплачиваемых позициях указать собственный банк, или создать разные спсобы платежа для разных банков и также указывать их в позициях.

Лучше указывать ссылку на собственный банк явно в позиции кредитора (ТАПе или счет-фактуре).

Если используется АПП, то можно в режиме редактирования предложения указать нужный собственный банк.