Как вы выходите из ситуации :
есть аванс входящий и Налоговая накладная
есть инвойс входящий на сумму больше чем предоплата
как создать Налоговую накладную на разницу между авансом и инвойсом ?
делать Налоговую накладную на выравнивание или на инвойс , тогда как система поймет связку инвойс-аванс ?

Будет так:
1. Есть аванс 100
2. Есть фактура 200
3. Есть выравнивание - частичная оплата на 100
4. Генерация налоговой накладной на фактуру 200 - налоговая накладная на 200
5. Далее аванс и выравнивание в данном случае не релевантны для программы генерации, поскольку вся сумма оплаты выровненна на фактуру.

А где же НН на аванс ( 1 событие )
особенно если в разных м-цах ?

С тех пор viewtopic.php?f=5&t=42308 ничего не изменилось. Бухгалтера руками корректируют сумму/количество (если нужно) при генерации, создавая такую накладную как нужно.

может все-таки какой-то выход есть ?
ведь много компаний работает с авансами ?

Ты сам хоть понял, что ты сказал - выравнивание входящего инвойся со входящим авансовм.
Может выранивание исходящей фактуры со входящим авансом ?
Тогда в программе J_1UNCREATE есть одна фича по этому поводу.

сорри
имелось ввиду выравнивание F-39
спасибо за поправку
так какая фича ?

Если говорить о стандартной программе генерации J_1UNCREATE, то в документации к ней все написано.
Программа в любом случае генерирует налоговую накладную на фактуру. В случае если в этом же периоде был аванс, который был выровнен (методом частичная оплата на фактуру), он не будет релевантным для программы генерации. Если в этом периоде аванса было больше, программа сгенерирует налоговую накладную на превышение. В следующем периоде опять сгенерирует налоговую накладную на фактуру и корректировочную налоговую накладную к налоговой накладной на превышение прошлого периода. Так работате украинский ADDON.

Спасибо
А как разделаться с входящими НН ?
есть ли там такая же примочка ?

По входящим налоговым накладным (для страны Украина) есть возможность подключить функциональный модуль по событию (опять же см. документацию). Функциональный модуль создает предварительно зареестрированные налоговые накладные под релевантные для входящего налога документы (авансы выданные, счет-фактуры). В последующем, при получении налоговой накладной, есть возможность указать в предварительно зареестированном документе внешиний номер налоговой накладной и провести в системе (он отразится в налоговой декларации, реестре и в учете)

То есть в предварительно зарегистрированном документе есть возможность изменить сумму но руками ?

Из документации:

Если использовать опцию "Специальная обработка аванса", накладные на счета-фактуры формироваться не будут. Накладные будут создаваться только для аванса и документа выравнивания (счет - аванс).
В этом случае для авансов будут создаваться накладные с номенклатурой и количеством материала из сбытового заказа. Эта опция возможна если в авансе явно указана ссылка на заказ, этот аванс единственный для заказа и сумма аванса не превышает суммы заказа. Накдладная к lдокументу выравнивания (счета и аванса для этого заказа) в этом случае также будет содержать ссылки на материал и количество. Сумма базы налога в накладной для аванса и базы налога в накладной для счёт в этом случае будет равна базе налога в счёте.

Документы выравнивания следует обязательно создавать (например посредством транзакции F-32) с использованием метода частичной оплаты (не использовать позицию остатка) или посредством транзакции перерасчета аванса (F-39) обязательно со ссылкой на фактуру. Это необходимо для корректного определения цепочки: налоговая накладная - корректировка.

Если существует необходимость одновременного выравнивания нескольких авансов со счетом-фактурой, необходимо использовать транзакцию перерасчета аванса с обязательной ссылкой на счет, иначе будет создаваться одна корректировка со ссылкой на первый аванс на всю сумму выравнивания. Для счетов-фактур, которые учитываются "по оплате" нужно использовать отдельные виды документов, которые необходимо задать на соответствующем поле селекционного экрана. При этом частичные платежи должны проводится либо методом "частичный платеж", либо через транзакцию перерасчета авансов (F-39).

Для того, чтобы избежать лишних корректировок, на счет-фактуру не создается налоговая накладная, а по документу выравнивания или перерасчета аванса создается налоговая накладная в режиме «Специальная обработка аванса» на разницу между суммой счета и суммой полученного аванса. При этом такая налоговая накладная будет содержать номенклатуру материалов начиная с последней позиции заказа.

Можно, и не только сумму.