Подскажите, пожалуйста, почему при выравнивании через Частичный платеж позиции остаются открытыми даже после того, как две позиции кредитовые стали равны одной позиции дебетовой? Они разве не становятся выровненными и не уходят из открытых?
Спасибо!

Видимо, неправильно выравниваете - через частичный платеж. Нужно выравнивать данным платежом полностью счет к оплате и все ранее проведенные к этому счету платежи.