Подскажите, за что отвечает галочка "Платежная операция" в настройках кодов прводок???

данная галочка используется в случае регистрации платежных документов

не совсем понятно, что понимается под регистрацией платежных документов.

Имеются ввиду входящий, исходящий платеж, платежные разницы.

Хорошо.
Поставлю вопрос по другому.
Чем будет отличаться ввод платежных документов (или к каким результатам приведет) при настроке кодов проводки с галочкой и без галочки.

Где-то вычитала, что этона отчетность каким-то образом влияет

это использовалось раньше для НДС по оплате