Всем привет.
В отчете Книга покупок J_3RF_BUY_BOOK_03 по одному коду налога выводятся суммы с минусом в колонке "Сумма по СФ".
Причем по этому же коду налога в книге продаж выводится сумма с минусом в колонке "НДС 18%".
Документы с НДС следующие:
Дт 60ав - Кт 51
Дт 19 - Кт 68 - это аванс кредитору, НДС заносим в книгу продаж

Дт 60 - Кт 60ав
Дт 68 - Кт 19 - зачли аванс, НДС к возмещению в книге покупок.

Почему суммы выводятся с минусом, может документы какие кривые?

Попробуйте в настройках книги покупок и продаж указать арифметическое действие + для этого кода налога. Насколько я помню, указать нужно в обоих настройках, т.е. Группирование сальдо базовых налоговых сумм и Группирование налоговых сальдо.