При прогоне АПП возникает ошибка "Строка документа 001 не содержит информацию выравнивания" ( Класс сообщения FICUSTOM 100 W )
Что не так? Не могу разобраться.

У Вас судя по всему FM активирован и Вы проводите документ, в котором система действительно не находит информации для последующего сопоставления и отражения в УБ. Если Вы уверены, что такой док действительно нужно проводить, то придется донастроить это сообщение из FICustom, чтобы оно не выводилось.
Если сомневаетесь, разрешать или не разрешать проводить такой док, то напишите подробнее что за проводка идет в АПП