При настройке НДС была поднята галка в глобальных параметрах БЕ "Без курсовых разниц при выравнивании" и теперь при загрузке банковской выписки платеж не выравнивается с ТАПом ругаясь на курсовую разницу. Счета курсовых настроены и для счетов требования и для авансов. Т.к. ТАП памятная позиция там, вообще нет курсовой. Почему не схлопываются? Если убрать галку, что будет плохо?

Если ее убрать, то не будут работать суммовые разницы, т.е. то, ради чего она была поднята

А как работают суммовые разницы с этой галкой?

Почитай аддоновскую документацию по НДСу. Там все расписано...
"Учет нетиповых операций по НДС" вроде бы..