Сначала в SD модуле мы создаем dowmpayment request. Получив деньги по счёту, мы выдаём налоговую накладную на аванс посредством J1UFTVG (скажем 30%). После того, как мы выдадим финальный счёт (через модуль SD), система автоматически делает урегулирование первоначального взноса. Теперь мы должны выдавать налоговую накладную на всю сумму - 70%.

Помогите мне настроить процесс.

Какой документ мне нужно создать, который будет базой для создания налоговой накладной на 70%?

Нужно создать док-т выравнивания аванса и инвойса. На него система и создаст остаток по налоговым обязательствам, Ваши 70%.

П.С. Программа генерации НН (J1UFTVG) должна отрабатывать с галочкой "Спец. обработка аванса".