Добрый день.
Судя по всему система при проведение переоценки дебиторской задолжености не контролирует уже проведенные проводки, что недопустимо в нашем случае. Получается при любом сбое надо отслеживать и сторнировать проведенные проводки перед тем, как запускать заново транзакцию.
Есть ли какие то настройки,чтобы учитывать уже сделанные проводки транзакцией F.05

По настройкам - Вам в OB59 , выбрать ваш метод и поиграть с процедурой переоценки в песочнице.

Ну и в консерватории (бизнес-процесс) что-то не так. Зачем создавать проводки, если по вашему мнению есть «сбои»? Почему не пользоваться в F.05 чек-боксом «Create postings» и просматривать проводки ДО того как их создавать? Кроме того в F.05 есть куча критериев выбора, можно легко изолировать то что переоценивать не хочется.

F.05 старая транзакция переоценки, которая ничего не проверяет, и вообще для требований законодательства РФ она не подходит, т.к. при ее использовании не работает отчет по курсовым разницам. Переходите на Новую ГК и используйте FAGL_FC_VAL или мучайтесь с F.05