До ноября этого года оцененная сумма расчитывалась правильно - как разница между суммой в валюте счета нарастающим итогом в пересчете на курс на дату переоценки и суммой во внутренней валюте нарастающим итогом без учета уже проведенной переоценки. При закрытии ноября расчет был выполнен с учетом результатов переоценки, что не правильно.

10/2015
Сальдо НИт в валюте - 63.026,43
Сальдо НИт в ВВ - 4.037.135,28
Переоценка 10/2015 - 2.502.419,59- (у нас на переоцениваемый валютный банковский счет настроена оценка по МСФО)
Сальдо НИт в ВВ без учета переоценки по МСФО - 6.539.554,87
Курс USD/RUB на 31.10.2015 - 64,37420
Расчет суммы оценки: 63.026,43 * 64,37420 - 6.539.554,87 = 2.482.278,86 - (верно)

11/2015
Сальдо НИт в валюте - 32.116,68
Сальдо НИт в ВВ - 2.124.679,61
Переоценка по МФСО 11/2015 - 2.426.646,89-
Сальдо НИт в ВВ без учета переоценки по МСФО - 4.551.326,50
Курс USD/RUB на 30.11.2015 - 66,2393
Расчет суммы оценки: 32.116,68 * 66,2393 - 2.124.679,61 = 2706,79 это не верно, должно быть:
32.116,68 * 66,2393 - 4.551.326,50 = 2.423.940,10 -

Проанализировала статистику выполнения переоценки по МСФО (оценка отражается на самом переоцениваемом счете) и РСБУ (оценка настроена на другие счета, а не на переоцениваемый). По времени всегда (кроме 11/2015) первой осуществлялась оценка по РСБУ, а затем по МСФО, отсюда и ее корректность (т.е. на момент переоценки по РСБУ нет документа переоценки по МСФО).
В связи с этим вопрос, можно ли настроить переоценку таким образом, чтобы при переоценке по РСБУ не учитывалась переоценка по МСФО (при условии сохранения настройки переоценки по МСФО на переоцениваемый счет)? При переоценке по РСБУ на экране задается своя область оценки.

Да это вообще странно. Оценка в одной области не должна и не может видеть результаты оценки в другой области.
Если только нет пересечения по регистрам, на которые настроены данные области.
Проверьте области оценки МСФО, РСБУ и их целевое назначение (состав регистров).
Если оценка МСФО ложится на сам 51 счет, а это потом видит регистр РСБУ, то МСФО в числе прочего кладет сумму и в регистр РСБУ тоже.

Прошу прощения, но где находится данная настройка.
По оценке я нашла только следующие настройки (SPRO - Финансы - Бухгалтерия главной книги - Бизнес операции - Закрытие - Оценка):
- определение областей оценки стоимости
- определение методов оценки
- подготовка автоматической проводки для оценки инвалютф

Юлия,

посмотрите в SPRO - Финансы - Бухгалтерия главной книги - Периодические работы - Оценка - проверить присвоение правила учета для группы регистров. (ракурс V_FAGL_TRGT_LDGR, смотреть в SM30). Какие группы регистров присвоены правилам учета, которые в свою очереди присвоены областям оценки (настройка "Присвоить область оценки правилу учета", которую Вы видите)?

Узла 'Периодические работы' в настройке нет (версия системы 6.05). Ракурс таблицы V_FAGL_TRGT_LDGR пустой.

Ну, значит, нет у Вас в компании параллельного учета.
Да и программу старую используете.
Либо оценивайте в нужном порядке (сначала РСБУ, потом МСФО), либо все на разные счета.
Вообще обычно во всех областях банковские счета сами на себя оцениваются. Тут, конечно, неприятность, так как при несоблюдении очередности одно кушает результаты другого.