например, налоговые строки, создаваемые после указания кода налога в строке контрагента.
можно ли где-то настроить, как должны заполняться поля по таким строкам? а не то столкнулась с тем, что, например, в строке дебитора указан код налога A5 (авансы полученные), заполнены поля XREF1, XREF2, XREF3. Данные полей XREF2, XREF3 копируются в позицию по 68 счёту, а данные поля XREF1 - нет.

Очень сомнительно, что это можно сделать ч/з настройку. Я бы сделал ч/з замещение (с функц.модулем)